Para el logro de sus objetivos, el PREANU cuenta con una organización por unidades de trabajo que tienen bajo su responsabilidad la planificación, ejecución y evaluación de las diferentes actividades.   

Estas unidades se dedican a las dos grandes áreas de acción del programa, a saber:  Educación en Alimentación y Nutrición y Atención Nutricional (UCENA) y la Unidad de Atención Nutricional (UAN).   

En cada unidad se ofrece seguimiento a planes de trabajo anuales y se brinda acompañamiento y supervisión a estudiantes colaboradores que apoyan en las diferentes labores, quienes proponen acciones diversas que enriquecen tanto el trabajo del programa, como su propio aprendizaje.